Le périmètre du site "Gorges de l'Allier et Affluents" a été revu en 2016 et validé en 2017. Il a intégré certains affluents de l'Allier en rive droite et en rive gauche sur la portion du Haut-Allier (sites linéaires à Loutre, à Ecrevisse à pattes blanches et à Moule perlière) ainisi que le site forestier "Pont de Desges".
Le site "Gorges d el'Allier et affluents" représente désromais une superficie de 16 019 hectares, le plus vaste site d'intérêt communautaire relevant de la directive "Habitats, faune, flore" en Auvergne.
Il suit la rivière Allier sur 50 km, depuis Langogne en Lozère jusqu'à Langeac et remonte le long de ces principaux affluents.